GMP alanlardaki kritik uygulamalardan biri de temizlik ve dezenfeksiyon süreçleri olmuştur. GMP ANNEX 1 “MANUFACTURE OF STERILE MEDICINAL PRODUCTS”, Madde 62’nin içeriği, “A ve B klas alanlarda kullanılan dezenfektan ve deterjanlar, kullanım öncesi steril olmalıdır.” şeklindedir.
Buna göre steril sahalarda içeriye alınacak dezenfektanlar ya steril olarak hazır alınmalı, ya da kullanıcılar tarafından in-house olarak steril edilmelidir. In-house dezenfektan sterilizasyonu, günümüzde maliyetli ve uzun süreçler alan bir yöntem olduğu için, genellikle hazır sistemler tercih edilmektedir.