Mikotoksin, pek çok işlenmiş veya işlenmemiş gıdada bulunan insan ve hayvan sağlığını tehdit eden bazı küf türlerinin metabolitleri için kullanılan bir terimdir.
Hasat öncesi ve sonrası koşullarda tarımsal ürünleri kontamine edebilen bu toksik metabolitler insan ve hayvanlarda kanserojen, mutajenik, teratojenik, aterojenik ve östrojenik etkiler gibi akut ve kronik etkilere neden olabilmektedirler.
Meyve ve işlenmiş meyve ürünlerinde görülen başlıca mikotoksinler ise aflatoksin B1 (AFB1), aflatoksin B2 (AFB2), aflatoksin G1 (AFG1), aflatoksin G2 (AFG2) ve okratoksin A (OTA), patulin ve alternaria toksinleridir.